A administração do sistema de trens urbanos de passageiros foi transferida para o Estado do Rio de Janeiro em dezembro de 1994, ficando sob responsabilidade da Companhia Fluminense de Trens Urbanos – Flumitrens. O Programa de Descentralização, vinculado àquela transferência, teve por objetivo a ampla recuperação do sistema, compondo-se de uma série de intervenções físicas na via permanente, material rodante, estações, sistemas de eletrificação, sinalização e telecomunicações, construção de passarelas, muros de vedação da faixa de domínio e aquisição de equipamentos. As intervenções a cargo da CBTU, em conjunto com outras tantas a cargo do Estado do Rio de Janeiro, dotariam a infra-estrutura do sistema das condições necessárias para transportar 1.200.000 passageiros/dia.

O Programa CBTU – BIRD/RJ, amparado com financiamento do BIRD e contrapartida da União, apresenta evolução física acumulada de 99,7%, restando apenas a implantação dos desvios ativos de Duque de Caxias, Gramacho e Saracuruna. Estes serviços dependem também de materiais a serem fornecidos pela SUPERVIA e CENTRAL, sendo que não existe previsão de conclusão.

O outro programa da ação, acordado quando da regionalização do sistema de trens urbanos do Rio de Janeiro, compõe-se da recuperação de 36 TUE, para Série 1000, e apresenta uma execução física acumulada de 72%. Este programa entregou para operação, até 1996, 24 TUE, e ficou paralisado entre 1997 e 2001. Retomado em 2002, foram concluídos mais 2 TUE, das 7 unidades recontratadas. A conclusão da modernização dos últimos 5 TUE até 2007.